Druhá série se odehrává 18 měsíců po první sérii. Islámští teroristé se snaží odpálit jadernou bombu uprostřed Los Angeles. Jack Bauer a Kate Warner (sestra jedné z členek teroristické buňky) tomuto zabrání. Zbytek série se zabývá snahou USA provést odvetu na tři země Středního východu, protože byl nalezen důkaz o jejich zapojení v pokusu o teroristický čin. Nahrávka byla ale padělána skupinou obchodníků, kteří by válkou profitovali.