Kudo Shinichi, de diecisiete años, es un joven detective prodigio. Durante una investigación, dos matones a la fuerza, suministran a Kudo con un veneno experimental que inesperadamente lo convierte en un niño pequeño en lugar de matarlo. Para ocultar su identidad mientras busca a la organización que intentó matarlo, Kudo toma el nombre de Edogawa Conan. Su ex novia, Mouri Ran, y su padre investigador privado con cerebro de liebre se llevan a Conan. Atrapado en un cuerpo endeble, Conan resuelve crímenes, a veces ayudado por los niños de la Liga de Detectives Junior y los inventos de su viejo amigo, el Dr. Agasa.