Le NCIS navigue en eaux troubles. Jenny Shepard est obsédée par son désir de faire payer à La Grenouille la mort de son père. Pourtant, de récentes empreintes retrouvées chez elle supposent qu’il est toujours vivant. Par ailleurs, l’équipe est confrontée à la disparition de Tony, dont la couverture en tant que professeur de cinéma a été dévoilée par La Grenouille, qui n’est autre que le père de Jeanne… Alors que les membres du NCIS retrouvent la trace de Tony et le pistent via des caméras de surveillance, ils assistent, impuissants, à l’explosion de sa voiture…