Brennan è stata accusata di omicidio e si sta nascondendo dall'FBI con l'aiuto di suo padre. Booth e il team dello Jeffersonian sono convinti che Christopher Pelant ha manipolato le prove per far sì che Brennan venisse accusata. Una soffiata anonima guida Booth ai resti di un consulente scolastico che potrebbero avere la chiave per provare l'innocenza di Temperance.