L’agente speciale Seeley Booth e la dottoressa Brennan dovranno indagare sui resti di un cadavere carbonizzato, che è stato rinvenuto in un bunker e le indagini porteranno loro ed il resto del team del Jeffersonian ad avere a che fare con un Marine congedato ed un gruppo di attivisti che si stanno preparando per l'Apocalisse. Sweets potrebbe aver finalmente trovato un nuovo appartamento.