Pelant è tornato ed i membri del Jeffersonian vogliono mettere fine alla sua carriera di serial killer una volta per tutte e per questo ordiscono un piano con l’aiuto dell’agente special Hayes Flynn, utilizzando un cadavere umano desideroso di aiutare il team nella cattura del criminale e ponendolo in posizione tale da emulare Pelant. Il loro piano fallisce quando Pelant risulta essere un passo avanti a loro ed uccide una persona cara a Booth; nel frattempo Sweets ritorna sul campo e convince l’agente Flynn che non è la persona che tutti credevano fosse.