Durante questa stagione Gibbs e i suoi uomini si trovano a fronteggiare Harper Dearing, un piromane in cerca di vendetta per la morte di suo figlio, morto a bordo di una nave a causa di una falla nella sicurezza. Nell'ultimo episodio la sede centrale di Washington viene fatta esplodere con Gibbs e tutti gli agenti al suo interno. Ducky, intento a passeggiare su una spiaggia, riceve la notizia e viene colpito da un improvviso malore.