Alla Fortezza delle Scienze si stanno effettuando le riparazioni alla struttura per i danni subiti nell'ultima battaglia. I nemici, dopo un'attenta analisi dei punti deboli del Grande Mazinga, inviano due mostri guerrieri in Giappone il cui scopo è quello di attaccare le braccia del robot terrestre. Mazinga, stretto tra due fuochi viene presto abbattuto e privato degli arti superiori. Venus interviene per salvare Tetsuya, ma soccombe. Priva di difese, la Fortezza delle Scienze viene attaccata dai due mostri e dalla fortezza volante Mikeros, che mettono in ginocchio la già danneggiata base. Il prof. Kabuto sta per consegnare la base in mano al nemico, ma Mazinga si riprende e, anche menomato, dopo una lunga e sofferta lotta riesce a sconfiggere il nemico. Il prof. Kabuto si prepara ad una missione kamikaze per scagliare la fortezza contro Mikeros, ma Mazinga torna in tempo per mettere in fuga la nave nemica e salvare il centro ricerche.