Het zesde seizoen werd vanaf 13 juli 2016 uitgezonden in Amerika en bestaat uit 16 afleveringen. Halverwege het seizoen verliet Gina Torres de cast. In de seizoensfinale keerde ze terug in een bijrol. Het seizoen begint met waar seizoen 5 geëindigd was, in de gevangenis waar Mike zijn celstraf uit moet zitten. Hij komt in de cel terecht bij Frank Gallo. Gallo is een gedetineerde die aangeklaagd is door Harvey. Hij heeft altijd wraak willen nemen op Harvey en ziet zijn kans schoon dit te doen door gebruik te maken van Mike. Mike neemt Gallo in vertrouwen tijdens de eerste nacht en vertelt zijn hele verhaal. Gallo biedt hem zijn mobiele telefoon aan om Rachel te berichten dat alles goed gaat. Zodra Mike dit gedaan heeft verlaat Gallo de cel en komt Mike's echte celgenoot, Kevin Miller, binnen. Gallo had van cel gewisseld om Mike uit de tent te lokken. Gallo stuurt Rachel berichtjes uit de naam van Mike en Rachel gelooft dat het goed gaat met haar grote liefde. Harvey voert tegelijk gesprekken met Mike, als advocaat zijnde. Hierbij hoort hij over Gallo en besluit Sean Cahill om hulp te vragen. Cahill kan Gallo echter niet verplaatsen naar een andere gevangenis, omdat hij informant is. Daarom biedt Harvey hulp aan Gallo om hem vervroegd vrij te laten komen, zodat hij Mike met rust zou laten. In de tussentijd werkt Harvey aan de zaak van William Sutter, een schimmige zakenman. Door aan die zaak te werken kan Harvey een deal met Cahill sluiten om Mike vervroegd vrij te krijgen. Mike moet er dan echter voor zorgen dat zijn celgenoot Kevin Miller tegen zijn schoonvader getuigt. Mike slaat dit aanbod in eerste instantie af, omdat hij Kevin niet wil verraden. Later accepteert hij het alsnog en probeert op allerlei manieren Kevin te laten getuigen. Na veel wikken of wegen gaat Kevin akkoord en getuigt tegen zijn schoonvader, die daardoor in de cel belandt. Hierdoor komt Mike vrij. Hij blijft echter bewust nog een extra nacht om Gallo te grazen te nemen. Hij zorgt voor camera's in zijn cel, waar Gallo door de corrupte bewakers binnengelaten wordt. Gallo valt Mike aan met een mes en na een worsteling vertelt Mike dat dit alles opgenomen is en live te zien was door de goede bewakers. Gallo wordt hard aangepakt en wordt overgeplaatst naar de gevangenis, waar hij alleen maar vijanden kent. Mike wordt aangenomen als leidinggevende adviseur bij een juridisch loket. De medewerkers en leiding van dit loket wisten van zijn verleden, maar dat deerde hen niet. Tijdens zijn werk voor dit loket ondervindt Mike waarom hij graag advocaat werd, om mensen te kunnen helpen. Het feit dat hij de uiteindelijke rechtszaken aan zijn medewerker Oliver over moet laten knaagt aan Mike. Zeker als Oliver door zijn faalangst vaak dichtslaat in de rechtszaal. Aan het eind van het seizoen bedenkt Harvey een plan om zowel Rachel als Mike door de commissie van de advocatuur te laten komen. Dit lukt en de weg ligt open voor Mike om toe te treden als advocaat van Pearson Specter Litt.