Šesť mesiacov po udalostiach poslednej sezóny urobili Booth s Brennanovou veľký krok v svojom živote. Spolu s dcérou Christine a novým bábätkom žijú pokojný až idylický rodinný život, ďaleko od sveta plného vrážd, ktorý opustili a v súčasnosti pracujú pre súkromný sektor. Nový kriminálny prípad však donúti doktorku Brennanovú, aby sa vrátila do Jeffersonského inštitútu a spolupracovala na forenznej analýze nájdených ľudských ostatkov, pretože vykazujú šokujúcu podobu s fyzickou schránkou Seeleyho Bootha. Medzitým sa agent Booth záhadne stratí. Jeho náhle zmiznutie prichádza vyšetrovať agentka Grace Millerová z FBI, ktorá na prípade úzko spolupracuje s agentom Jamesom Aubreym, prideleným k vedeckej skupine z Jeffersonského inštitútu. Napätie medzi vedcami a agentmi však začne nebezpečne stúpať, keď vysvitne, že Millerová sa pokúša vyšetrovať člena tímu ako hlavného podozrivého zo zločinu.