Les corps de deux adolescents, kidnappés cinq auparavant, sont retrouvés dans un engin aux allures de vaisseau spatial. Booth et Brennan enquêtent sur un serial killer dont le modus operandi est d'enterrer ses victimes vivantes et d'exiger une rançon. Une véritable course contre la montre commence alors pour Booth, Angela et Zack, quand Brennan et Hodgins sont emprisonnés dans une voiture à cinq mètres sous terre.