Kelso si aggira ancora per la caffetteria a caccia di muffin (ha ancora la fornitura a vita), ma ora viene visto dal personale sotto una luce del tutto nuova: tutti si chiedono come mai passi tanto tempo in ospedale nonostante non lavori più lì. Così Kelso finge di dover partire con sua moglie, ma durante un'uscita per pranzo J.D. ed Elliot lo scovano nascosto in un'altra caffetteria. I due, che passano sempre più tempo insieme, cercano di aiutarlo con una comunione di intenti tale da fargli pensare che loro due stiano di nuovo insieme e quando Kelso esprime questa sua impressione, J.D. ed Elliot iniziano a ripensare al loro rapporto, ma in modo non molto sincero. Durante un vero e proprio confronto, i due esprimono i loro sentimenti a viso aperto, confessando di volersi ancora bene come un tempo ma di avere paura che le cose possano andare male di nuovo. Kelso fa loro capire che bisogna fare ciò che ci rende felici e affrontare le proprie paure ascoltando i sentimenti. Intanto alla luce del licenziamento di Maddox, l'Inserviente e Jimmy ("the overly touchy orderly", ovvero "l'inserviente maniaco del contatto fisico") sono stati riassunti. Ted è felice del ritorno dell'inserviente fino a quando lui lo costringe a fare il suo lavoro rivelandogli che in realtà è solo tornato all'ospedale, ma non è stato ancora riassunto. Tuttavia, con uno stratagemma, l'inserviente riesce nell'intento. Intanto il Dr. Cox e Turk continuano con i loro litigi: questa volta è Cox che confessa di non fidarsi dei chirurghi, dato che ogni volta che chiede un consulto assiste alla visita di Turk. Stranamente sarà Todd questa volta a far capire al Dr. Cox che se si fidasse un po' di Turk i loro dissidi finirebbero. Alla fine J.D. riflette su ciò che Kelso ha detto a lui ed Elliot, così decide di seguire il consiglio e capisce che per loro è giunto il momento di tornare insieme.