J.D. si è preso una pausa dal suo lavoro in ospedale ed è a casa in vacanza, ma Elliot sente molto la sua mancanza e i due si telefonano di continuo. Ciò dà vita a momenti esilaranti, soprattutto quando J.D. le chiede di mettere il telefono nella tasca del Dottor Cox per fargli sentire la sua voce. Elliot sta curando un'anziana amica di Kelso che ha da poco perso il marito e rimane sconvolta quando la donna muore per una semplice polmonite; Kelso le fa capire che a volte ci si può lasciare andare dopo aver vissuto tanti anni insieme, e così Elliot va in paranoia perché si rende conto di essere diventata troppo dipendente da J.D. Carla annuncia di essere incinta. Turk vuole festeggiare, ma nessuno dà a Turk troppa soddisfazione perché si tratta del secondo figlio. Alla fine lui si rende conto di come questo non sia importante poiché l'unica cosa che conta è che un altro bambino sta venendo al mondo. Carla, invece, è alle prese con un dilemma morale quando Cox le fa notare che non si interessa più ai suoi pazienti come una volta.