Il team dell'NCIS paga un caro prezzo, quando tenta di fermare un Marine che crede di essere ancora in Iraq. Dopo un violento confronto, la squadra si accorge che il Marine è soggetto ad un esperimento segreto. Le cose diventano ancora più complicate quando un assistente di un senatore comincia ad interferire con le indagini, dato che il Marine doveva essere decorato dal senatore e un incidente potrebbe risultare negativo per la sua immagine. Si scoprirà poi, che le cose sono ancora più complicate e il Marine non può essere decorato, ma Gibbs, che prova simpatia per il ragazzo, gli darà in regalo la propria medaglia.