Profitant d'une série de vols dans le quartier, l'inspecteur Shiratori passe par l'école primaire Teitan pour pouvoir parler à la professeur, Mlle Kobayashi. Un camarade de classe des Detective Boys auraient découvert la cachette du criminel, dans un entrepôt près de l'agence détective Môri. Les enfants vont donc enquêter, avec l'assistance de l'inspecteur Momose de la troisième division. Ayumi, Genta et Mitsuhiko essaient au mieux de résoudre l'affaire sans l'aide de Conan, avec une efficacité surprenante.